◇개별공시지가가 없는 토지

개별공시지가가 없는 토지에 대해서는 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용해 산정한 가액을 기준으로 삼아야 한다고 규정하고 있다.

그러나 대부분 인근토지의 지가 또는 모번지의 지가를 활용하는 게 현실이다.
특히 이것은 납세자가 이의신청을 제기할 경우 위법성 문제가 대두될 확률이 크다. 이미 대법원에서는 지가결정에 공고가 없으면 무효라는 판결(대법원 93누19566, '94.6.14)이 난 바 있다.

또 개별공시지가가 현저하게 높거나 혹은 낮게 결정된 경우 세무공무원이 아무런 심의 및 결정없이 인근 유사토지의 개별공시지가를 적용^조정하는 것은 전문성과 위법성의 논란이 일어날 소지가 많다.

◇분리과세

종토세는 토지의 보유에 대해 과세해야 함에도 과세형태별로 심한 격차가 나타나고 있다. 분리과세 중 자경농지 등(세율 0.1%)은 종토세 전체 면적의 47.1%를 차지하고 있고, 공시지가 28.5%, 과세표준 28.6%를 이루고 있다.

그러나 이에 비해 자경농지는 전체 세액의 6.4%밖에 차지하고 있지않는 심한 불균형을 초래하고 있다.

이는 정부가 정책적으로 자경농민에 대한 지원과 배려의 비중이 높아 토지보유에 대한 과세결과가 심각한 불균형을 나타내고 있는 것이다.

◇개별공시지가 적용시기

개별공시지가는 매년 1월1일을 기준으로 6월30일경에 결정^고시된다. 그러나 종토세의 과세기준일은 6월1일이기 때문에 현재 지가가 결정^공시되지 않으면 전년도 개별공시지가를 적용해야 하는 문제가 발생한다.
또 토지이동에 따라 개별공시지가가 없는 산정절차상, 지목변경 등으로 지가변동분을 반영하지 못하게 된다.

당해 연도의 지가를 반영하지 못하는 것은 납세자들에게는 당연한 불만이고, 행정편의주의적 제도라는 비난을 면하기 어렵다.

한편 개별공시지가 조정시기가 현실감이 떨어진다는 지적도 제기되고 있다. 개별공시지가가 변동일을 기준으로 산정되어야 함에도 실상은 고시일을 기준으로 효력이 발생하고 있다.〈표4 참조〉

변 동 기 간	기준일	고시일
1월1일~4월30일	5월1일	8월31일
5월1일~8월31일	9월1일	12월31일
9월1일~12월31일	1월1일	6월30일