재정경제부 고위관계자는 최근 한 세미나에서 “종합토지세제가 많은 문제점을 안고 있어 대대적인 정비가 필요하다”고 전제하고 “그러나 전문가 의견 수렴 등의 과정을 거친 안이 나오기까지는 상당 기간이 걸려 당장 개편은 어려울 것으로 보인다”고 밝혔다.

이와 관련 송쌍종 서울시립대 교수는 “현행 많은 세법 가운데서 특히 종합토지세제가 가장 많은  불합리한 문제점을 안고 있다”고 지적하고 “국세와 지방세 통합방안을 서둘러 마련해 지방세목과 국세간 충돌현상을 방지하는 효율적인 세제의 통합운영을 해야 한다”고 주장했다.

종합토지세목과 관련해 각 지방자치단체간 구세인 담배세와 시세인 종합토지세간 맞교환 논의가 일고 있을 뿐만 아니라 종토세  과표 및 체납 누증 등 지방세정상 취약점을  안고 있어 종토세제 운영 개선이 지적되어 왔다.