과세관청이 과세전적부심사를 거칠 기회를 주지 않고 법인세 경정처분과 소득금액변동통지를 한 경우, 고발 대상이 된 조세범칙행위와 동일성이 인정되지 않는 부분에 대한 법인세 경정처분은 무효라는 법인의 판단이 나왔다. 소득금액변동통지도 과세전적부심사의 예외사유가 존재하지 않아 전체가 무효라고 봤다.

서울행정법원 행정4부는 지난달 19일 A업체가 마포세무서장과 서울지방국세청장에 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송에서 일부 인용 판결을 내렸다.

A업체는 2014년~2017년 사업연도에 1천508억여원의 영업비를 판매비·관리비로 손금에 산입해 법인세를 신고했다.

서울지방국세청이 2018년 A업체에 대해 세무조사한 결과, 복리후생비, 회의비 등으로 계상한 금액 중 52억여원이 타인 명의 신용카드 매출전표를 증빙으로 한 가공경비인 것으로 드러났다.

서울국세청은 당시 A업체 대표이사였던 B의 상여로 소득처분하는 과세자료를 마포세무서장에 통보하고, A업체와 B를 조세범처벌법 위반 혐의로 검찰에 고발했다.

마포세무서는 A업체가 세무조사결과통지를 받은 날로부터 30일이 지나기 전에 부정과소신고가산세 40%를 포함한 법인세를 경정·고지했으며, 서울국세청은 소득금액변동통지를 했다.

A업체는 이에 불복해 이의신청을 거쳐 이듬해인 2019년 조세심판원에 심판청구했다. 조세심판원은 "52억여원을 손금산입한 것이 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 보기 힘들다"며 일반과소신고가산세율(10%)을 적용해 세액을 경정하도록 하고 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 내렸다.

이에 따라 마포세무서는 당초 고지세액에서 부정과소신고가산세와 일반과소신고가산세의 차액에 해당하는 부분을 제외하는 방법으로 당초 법인세 경정처분을 감액경정했다.

A업체는 “처분에 앞서 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지 않았으므로, 서울국세청장이 조세범처벌법 위반 혐의로 고발하지 않은 항목(손해배상채권, 홍보비, 대손금, 수선비 등)에 관한 부분(본세 및 가산세) 및 소득금액변동통지에 중대하고 명백한 절차상 하자가 있다”고 주장했다.

재판부는 “세무조사결과 통지의 내용 중 고발 또는 통지처분의 대상이 된 조세범칙행위와 동일성이 인정되지 않는 부분에 대해서는 과세전적부심사의 예외사유가 존재하지 않다고 봄이 타당하다”고 판단했다.

또한 “서울지방국세청장이 세무조사결과통지를 받은 날로부터 30일이 지나기 전에 소득금액변동통지를 했고, 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정도 없으므로 이 사건 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대하고 명백한 하자가 있어 무효”라고 했다.