법인이 세무서의 서면확인에서 무혐의를 받았음에도 다시 지방국세청으로부터 자금출처조사와 법인세 비정기 조사를 받게 되자 국세청 납세자보호위원회가 중복조사에 해당한다며 세무조사 중단 통보결정을 내렸다. 세무서 서면확인은 질문·검사권이 행사된 실질적 세무조사에 해당한다는 판단이다. 

국세청은 지난해 납세자보호위원회가 세무조사 분야 권리보호요청 111건 중 36건을 시정했다고 12일 밝혔다. 다음은 지난해 납세자보호위원회 심의사례다.

A법인은 외국납부세액 부당공제 적정성에 대한 세무서의 서면확인이 실시되자 소명자료를 제출하고 사실관계 방문설명에 나섰다. 서면확인은 무혐의로 종결됐다.

이후 지방청은 A법인 대표자의 부동산 등 취득자금 출처에 대해 자금출처조사를 실시하고, A법인으로부터 자금 차입사실을 확인해 법인세와 종합소득세 수정신고 후 종결했다.

A법인은 지방청이 영업권 양도손익의 귀속시기를 임의조정한 혐의 등으로 서면확인 대상기간과 동일한 사업연도 법인세 통합조사(비정기) 대상자로 선정 후 세무조사에 착수하자 국세청 납세자보호위원회 문을 두드렸다.

국세청 납세자보호위원회는 세무서의 서면확인은 질문·검사권이 행사된 실질적인 세무조사에 해당한다고 밝혔다. 그러면서 예외적으로 중복조사가 가능한 다른 탈루혐의를 입증할 만한 명백한 자료가 존재한 경우가 아닌 만큼 위법한 중복조사라며 세무조사 중단 통보를 했다.

통상의 과세자료 처리 범위를 넘어선 해명 안내는 세무조사로 봐야 한다는 심의사례도 나왔다.

B법인 대표의 배우자는 유상증자에 참여해 주식을 취득했다. 이에 대해 세무서가 증여세 무신고 해명 안내문을 발송하자 B법인은 수정신고·가산세를 납부해 무혐의 처리하고 종결됐다.

이후 지방청은 B법인 대표의 배우자를 증여세 조사대상에 선정했다. B법인 불균등 저가 유상증자 참여에 따른 증여세 탈루 혐의였다.

지방청 납세자보호위원회는 요청인이 세무서 해명안내에 대해 수차례 방문·해명하고 수정신고 및 가산세를 납부한 과정은 통상의 과세자료 처리 범위를 넘어선 세무조사로 보는 것이 타당하다고 판단했다.

또한 요청인의 수정신고 내용을 검토하고 무혐의 처리한 세무서의 결정에 별다른 흠결이 확인되지 않고, 불균등 증자에 따른 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 새로운 근거가 없다며 조사청이 사전통지한 증여세 조사는 위법한 중복조사에 해당한다고 덧붙였다.

세무조사 중지기간 중 세무서의 자료 제출요구에 대해 제동을 건 사례도 있었다. 사실상 조사팀이 세무조사를 계속 진행했다는 판단이다.

C세무서는 D법인의 특수관계인 계좌를 이용한 수출대금을 확인하고 조사기간을 연장했다. 이후 국외자료 수집을 사유로 1·2차 세무조사 중지 통보서를 교부하고도 세무조사 중지기간에 장부 및 자료를 제출하도록 요구했다.

지방청 납세자보호위원회는 국외자료 수집을 위한 세무조사 중지기간 중 자료 제출을 하도록 요구한 것은 국세기본법 제81조의8제5항을 위반한 것으로 조사공무원의 위법한 행위에 해당한다며 세무조사 중단 통보를 했다.