전자세금계산서 조기경보시스템은 전자세금계산서 발급상황을 실시간으로 감시해 조기에 자료상을 색출하는 ‘신고 전 조기경보시스템’과 신고내용을 종합분석해 매입세액 부당공제 등 불성실 사업자를 적발하는 ‘신고 후 조기검증시스템’으로 구성돼 있다.
기존에는 부가세 신고시 제출하는 매출(입)세금계산서 합계표를 입력·완료 후, 3~6개월까지 상당기간 경과한 뒤에야 분석이 가능했지만, 신고 전·후 검증이 가능해 진 것이다.
□ 전자세금계산서 조기경보 시스템 흐름도

주요발령 유형을 보면 △ 개업 후 1년내 폐업한 자 중 고액의 (전자)세금계산서를 발급한 자 △매출·매입 불균형자,(전자)세금계산서 거래 비율이 낮은 자 △종이세금계산서 발급자와 이들로부터 거짓세금계산서를 받은 자 등이 해당된다.
또한. 매입대비 매출 과다자로서 세금을 납부하지 안은 경우와 고액 전자세금계산서를 단기간에 집중발급하고 신고하지 아니한 자와 이들로부터 세금계산서를 받은 자 역시 조기경보시스템 검증대상에 포함된다.
국세청은 전자세금계산서 도입 후 지난해 법인의 전자세금계산서 발급의무화에 따라 법인자료상이 감소한 반면, 개인사업자 형태로 변화하고 있는 것으로 분석하고 있다.
또한, 종이세금계산서는 부가세 신고 직전에도 발급기한을 소급해 세금계산서를 발급할 수 있게 됨에 따라, 개인사업자가 종이세금계산서를 이용해 소급발급하는 방식으로 자료상의 변화가 포착됐다.
이에 국세청은 전자세금계산서 조기경보시스템은 자료상혐의자 등에 대해 최초의 거짓세금계산서 교부자부터 최종 거래자까지 흐름을 신속하고 간편하게 파악·분석이 가능하므로 이들 거래자 전체에 대해 신속한 경보발령 및 조사를 실시할 계획이다
