감사원이 불공정거래 관행에 대한 국세청의 운영실태를 감사한 결과, 총 20건에 달하는 위법·부당사항이 적발됐다.

이에 앞서 감사원은 지난해 7.2일부터 20일까지 △고가부동산 거래 △변칙적 주식거래 △일감몰아주기 등을 주제로 기획재정부와 국세청 본청·서울청·중부청·부산청 등이 2015년부터 2017년까지 3개년 간 처리한 불공정거래에 대한 과세관리업무를 대상으로 감사에 착수했다.

감사원이 16일 발표한 감사보고서에 따르면, 총 3가지 분야에서 위법·부당한 업무로 20건이 지적됐으며, 시정은 2건, 주의 6건, 기관통보는 12건으로 종결됐다.

각 분야별 지적사항으로는 고가부동산 거래 분야의 경우, 조사대상자 선정과정에서 절반 가까이가 대상자 집단에서 누락된 것으로 나타났다.

국세청은 부동산 과다보유자 등의 자금출처조사(서면분석) 대상자 선정을 위해 고액자산가 집단을 구축하면서 토지를 제외한 채 주택·건축물의 시가표준액만을 기준으로 추출했다.

이에따라 2017년의 경우 부동산 과다보유자 51만107명 가운데 50.8%에 달하는 25만9천127명이 고액자산가 집단에서 누락된 것으로 드러나는 등 자금출처 서면분석 대상자 선정시 검토 대상에 오르지 않은 것으로 밝혀졌다.

국세청은 또한 부채사후관리 대상자를 전산망에 등록해 선정기준에 따라 상환자금 출처 등을 점검·관리하면서 실제 점검여부를 고려하지 않고 전산망 등재일로부터 일정기간이 지나면 점검대상으로 선정하지 않는 등 단 한차례도 점검대상으로 선정되지 않는 불합리한 경우도 발생한 것으로 나타났다.

변칙적주식거래 분야의 경우 중복조사에 따른 납세자부담과 행정력 낭비가 지적됐다.

국세청이 ‘주식변동조사’ 및 ‘주식변동 기획점검’ 대상을 중복확인 없이 각각 추출해 지방국세청에 내려 보냄에 따라 납세자가 동일한 주식변동에 대해 중복조사를 받고 있는 것으로 밝혀졌다.

또한 서울 등 6개 지방국세청에서 통일된 기준 없이 조사대상자를 선정하거나 중부·부산지방국세청은 기조사 여부 등을 제대로 확인하지 않고 조사대상자를 선정하는 등 납세자 부담과 행정력을 낭비하고 있다는 우려를 자아냈다.

또한 미성년자 등 만30세 미만으로서 2013~2015년에 주식을 신규로 취득했으나 취득 직전 10년간 상속·증여세를 신고·결정한 사실이 없는 주주 2천786명 가운데 절반에 상당하는 3천849명은 직전 3년간 소득이 주식취득금액에 미달하는 등 주식취득자금을 증여받았을 가능성이 높았음에도 별국세청이 별도로 점검·관리하지 않은 것으로 밝혀졌다.

이외에도 서울청은 정당한 사유없이 비상장주식을 매매사례가액보다 현저히 높은 가격으로 양도한데 대해 이를 정당한 것으로 보아 증여세 80억원을 미징수했으며, 중부청은 업무와 관련없이 회사 임원이자 주주에게 주식취득자금 166억원을 대여한 이후 임원 사임 등으로 특수관계가 소멸한 이후에도 회수하지 않은 일부 대여금 및 미수이자 등에 소득세 56억원을 미징수한 것으로 감사결과 드러났다.

일감몰아주기 분야에서는 과세대상임에도 검토조차 하지 않거나, 관련 자료를 과세에 활용하지 않은 사례가 드러났다.

부산청은 명의신탁한 주식을 포함한 실제 지분율이 53%에 달하는 등 한계주식 보유비율 3%를 초과해 일감몰아주기에 따른 증여세 과세대상임에도 이를 검토하지 않아 증여세를 미징수 한 것으로 나타났다.

국세청 또한 ‘과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률’ 제 8조의 규정에 따라 필요시 보유기관에 과세자료를 요청·활용할 수 있는데도 방위사업청의 방산업체 부당이득금 환수자료를 미활용 한 것으로 밝혀졌다.

이와관련해 감사원이 방산업체 부당이득금 환수자료를 제출받아 점검한 결과 7개 방산업체로부터 법인세 124억이 징수가능한 것으로 나타나는 등 방산업체 제재자료를 세원관리에 활용할 필요성이 제기됐다.