국세청 국정감사 때마다 논란이 됐던 '교차세무조사' 운영절차가 훈령에 신설돼 공개됐다. 교차세무조사는 그동안 국세기본법 시행령 제63조의3에 의거해 실시되다 이번에 도입 10년 만에 '조사사무처리규정' 개정을 통해 구체적으로 규정됐다.

교차세무조사는 예를 들어 서울청 조사국이 부산청 관내 납세자를, 광주청 조사국이 서울청 관내 납세자를 조사하는 방식이다. 세무조사와 관련한 청탁이나 압력을 막고, 지역토착세력과 세무관서간 유착소지를 근원적으로 차단한다는 목표아래 2007년 12월 도입돼 이듬해부터 시행됐다.

교차세무조사는 지방청간에서만 관할구역을 달리하는 방식으로 진행하다 한때 일선세무서로까지 확대되기도 했다. 국세청 통계에 따르면 통상 한해 50건 미만의 교차조사가 이뤄진다. 2016년 32건, 2015년에는 41건의 교차조사가 실시됐으며, 서울청이 절반 이상을 차지한다.

교차세무조사는 도입 7년 만인 지난 2014년 국세기본법(제81조의6 제1항)에 법제화됐다. 그러나 교차세무조사는 태광실업 세무조사를 계기로 '정치 사찰' '조사권 남용' 등 비판이 거셌다.

급기야 문재인정부가 들어서면서 각 부처별로 적폐청산 작업이 진행됐고, 국세청 또한 '국세행정개혁TF'가 중심이 돼 적폐청산을 진행했으며, 그 결과물의 하나로 TF가 "교차세무조사에 대한 절차적 공정성 확보 방안 마련"을 권고했다. 

그 후속 조치로 국세청은 훈령인 조사사무처리규정을 개정해 교차조사와 관련한 사유 등을 신설한 것이다.

앞서 국세행정개혁TF는 교차세무조사와 관련해 "일정지역에서 주로 사업을 하는 납세자에게 공정한 세무조사가 필요한 경우 등 국세기본법상 사유가 있는 경우 실시하지만, 운영절차 등에 일부 공정성 논란이 있다"고 지적했다.

그러면서 "교차세무조사 운영의 공정성을 제고하기 위해 교차조사 사유, 교차조사 대상 및 절차, 배정 기준, 문서관리방법 등을 훈령에 명확하게 규정해 공개하라"고 권고했다. 또 "규정된 절차를 준수했는지 여부를 주기적으로 점검하는 등 관리를 강화할 것"도 주문했다.

이에 국세청은 훈령 개정을 통해 ▷납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우 ▷공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우 ▷세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려해 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우에 한해 교차조사를 실시할 수 있도록 교차조사 사유를 신설했다.

이번에 훈령에 신설된 교차세무조사 사유는 국세기본법 시행령 제63조의3 '세무조사의 관할 조정' 사유와 한 항목을 제외하고는 모두 동일하다.
 
훈령은 또 교차조사가 필요한 경우 납세지 관할 지방국세청장이 교차 세무조사 검토서를 첨부해 국세청장에게 문서로 신청하도록 하고, 국세청장은 신청사유 등을 감안해 교차 세무조사 대상자의 조사관할 지방국세청을 공정하고 합리적으로 배정하고, 지방국세청장은 조사국별 사무분장, 업무량, 조사인력 등을 종합적으로 고려해 조사 담당국을 지정하도록 규정했다.

이와 관련 국세청은 국세기본법 등 관련법령의 개정내용과 범칙조사 운영절차 등 업무개선사항을 반영해 이번 조사사무처리규정을 개정하게 됐다고 밝혔다.